Япония уже долгие годы страдает от нескончаемых нападений страшных тварей — кайдзю. Главный герой истории, тридцатидвухлетний Кафка Хибино, работает в специальной бригаде по очистке городов от останков этих чудовищ. С детства он мечтал вступить в боевой отряд, чтобы сражаться с монстрами, но раз за разом получал отказ. В отличие от его подруги детства Мины Аширо, которая уже стала капитаном и теперь возглавляет третий взвод оборонительных сил. Но ещё не всё потеряно. Возраст для набора в боевые отряды повысили до тридцати трёх, и Кафка решается попытать удачу ещё раз. Но судьба, как известно дама коварная: в результате случайного стечения обстоятельств к нему в рот залезает мелкий летающий кайдзю и превращает его в мощный гибрид человека и монстра. Теперь Кафке предстоит защищать людей от вселяющих ужас тварей, самому будучи одной из них.